Ngày 11/11/2016, Tổng cục thuế hướng dẫn tại Công văn 5244/TCT-KK về thuế GTGT chưa khấu trừ hết khi chuyển đổi từ phương pháp khấu trừ thuế sang phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng như sau:
“Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế khi chuyển sang nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng được tính số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào phát sinh trong thời gian nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế mà chưa khấu trừ hết vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp, trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào phát sinh trong thời gian nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn theo hướng dẫn tại Điều 18 Thông tư 219/2013/TT-BTC và theo quy định của văn bản quy phạm pháp luật có hiệu lực trước ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành”.